Генин - (下忍, "Низший Ниндзя") - самый низкий ранг иерархии Ниндзя. Становясь Генином, начинаешь выполнять миссии, за которые деревне платят. Чаще всего Генины отправляются на миссии ранга D, самые легкие и безопасные миссии. Иногда Генины с большим опытом отправляются на миссии ранга C. Однако и здесь опасность для исполняющих миссию минимальна, так как обычно их сопровождает их Сенсей рангом Джонина. Так же из-за частых нападений группы генинов отправляют на более сложные миссий без присмотра наставника.

Чунин - («средний ниндзя») — в его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Шиноби этого разряда достигли уровня зрелости, которая, прежде всего, состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них, исполняют функции преподавателя; а другие, служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды. Они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки ниндзя, находящихся под их командованием. После достижения уровня чунина шиноби может носить опознавательный боевой жилет, в котором хранятся ниндзюцу-свитки. Чунина обычно посылают на миссии сложности C или B.

Токубетсу джонин (特別上忍 Токубетсу джонин) называются ниндзя с уровнем и способностями джонина, но подготовленных лишь в одной определённой отрасли военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного джонина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода. Примерами служат: эксперт в допросах, опытный учителя, мастера ядов, медики, мастера фуиндзюцу, а так же другие специальности требующие высоких знаний в одной области.

Джонин - (上忍, "Верхний Ниндзя") — чаще всего это высококвалифицированный ниндзя со значительными индивидуальными навыками, который исполняет функции военного капитана. Их часто посылают на миссии уровня А, а более опытным джонинам могут даже доверить миссии уровня S, которые они могут доводить до конца в одиночку. Иногда джонину вверяют команду из трёх генинов для их более углублённого обучения. Большинство ниндзя этого уровня в состоянии использовать минимум два типа стихий, а то и три, разные техники гендзюцу и владеть тайдзюцу выше среднего. Является основной армией каждой страны. Многие из них являются лидерами организаций и кланов.

Ниндзя S+ - Ниндзя уровня S намного сильнее обыкновенного Джонина. S-уровень не относится к обычным званиям, официально таких ниндзя называют джонинами, они могут относиться даже к ещё более низким званиям или же вообще не иметь никакого. Преданность шиноби этого ранга заключается в том, чтобы быть частью собственного селения и проявлять к нему лояльность, даже не живя в нём. Часто ниндзя этого уровня решают покинуть своё селение, пускаясь на поиск своих амбиций, и становятся ниндзя-предателями. Также ниндзя этого класса часто фигурируют в книге «Бинго», списке врагов для убийства, который имеет каждая деревня для использования джонинами и членами команды АНБУ. Большинство шиноби, даже высшего уровня, избегают прямого столкновения с ниндзя уровня S. Ниндзя этого уровня значительно выделяются среди других и часто имеют прозвища, которые им дали их друзья или враги. Эти шиноби являются по истине Легендарными. Многие мемуары реально написанные на нашей ролевой. Являются пособиями или книгами для младших поколений. Так же многие вещи, создания, называются в их честь.